TMM - Trimmed mean of M-values. C’est l’une des normalisations recommandées qui permet d’éviter l’effet des gènes fortement ou faiblement exprimés (Robinson & Oshlack. A scaling normalization method for differential expression analysis of RNA-seq data. Genome Biology volume 11, Article number: R25, 2010).
Au lieu de faire une mise à l’échelle propre à une librairie, un facteur de normalisation global est calculé en assumant que la majorité des gènes n’est pas différentiellement exprimée et en ne tenant pas compte des valeurs extrêmes de comptages.
Ce facteur est calculé à partir de l’abondance relative de l’expression de chaque échantillon, soit un fold change global (Ce que l’on appelle les M-Values).
Un échantillon est choisi comme référence. L’abondance relative moyenne est calculée en “trimmant” les distributions de logFC (d’où le Trimmmed Mean), ce qui donne un facteur correctif pour chaque échantillon.